Radość z odbudowy nie trwała jednak długo. Kościół został podpalony po raz drugi w nocy z 5 na 6 kwietnia 2002 roku. Osiemdziesięciu strażaków usiłowało wszelkimi siłami ratować świątynię. Niestety mimo ich poświęcenia, kościół spłonął doszczętnie.

W woli Justowskiej tragicznego podpalenia dokonał młody satanista, który dopiero po 11 latach został zatrzymany, a następnie skazany za ten czyn na karę dwóch lat pozbawienia wolności i grzywnę w wysokości 100 tysięcy złotych.

Kościół zdołano odbudować.

Dziesięć zastępów straży pożarnej gasiło płonącą plebanię znajdującą się przy kościele św. Aleksego w Ponikwi koło Wadowic, któremu również zagrażał ogień. Było to w styczniu 2013r. Gaszenie ognia utrudniał 20 stopniowy mróz.

Poddasze uległo całkowitemu uszkodzeniu. W pożarze również ucierpiał sprzęt, dokumenty, i pozostały dobytek który znajdował sie w budynku. Parter został doszczętnie zalany.Przyczyną pożaru mogło być zwarcie instalacji elektrycznej.
Dwa lata później w tej samej plebanii paliło się w kotłowni, tym razem ogień szybko ugaszono i uniknięto większych strat.