Funkcjonowania wielu wspólnot religijnych w Krakowie zmienia się pod wpływem imigracji w ostatnich latach dużej liczby cudzoziemców.
W Kościele rzymskokatolickim, do którego w Krakowie należy ponad 611 tys. osób, zaangażowanie migrantów wynika przede wszystkich z inicjatyw oddolnych. Wspólnota niemieckojęzyczna działa przy kościele Św. Barbary, osoby posługujące się j. angielskim spotykają się na mszach w kościele św. Idziego, obcokrajowców integrują także duszpasterstwa akademickie.
2166 członków Chrześcijańskiego Zboru Świadków Jehowy mieszka w Krakowie - wynika z danych GUS-u opracowanych przez zespół Obserwatorium Wielokulturowości i Migracji. Spotykają się w sześciu miejscach - w Nowej Hucie, na Ruczaju, Grzegórzkach, Woli Duchackiej, Bieżanowie oraz Bronowicach Wielkich i są podzieleni na zbory w różnych językach.
W 2011 roku w Krakowie mieszkały 522 osoby należące do Kościoła prawosławnego. Byli to głównie imigranci z Ukrainy, Białorusi, Gruzji, Słowacji, Rosji, Macedonii, Serbii, Grecji i Bułgarii.
