Kaplica. To w niej 1 listopada 1946 roku Karol Wojtyła otrzymał święcenia kapłańskie z rąk abp. Adama Sapiehy. Tu przychodził jako kleryk, tu modlił się jako arcybiskup i papież. W 2010 r. powstał specjalny ołtarz w oczekiwaniu na beatyfikację Ojca Św. Jana Pawła II. Jest wykonany ze srebra.

Pokój kard. Wojtyły - znajduje się w zachodnim skrzydle pałacu, zwanym pokojami Małachowskiego. Skromnie umeblowany - biurko, na nim zdjęcie rodziców, brewiarz i Pismo Św. z zaznaczonym tekstem czytanym przez papieża na dzień przed śmiercią. Okno wychodzi na Planty.

Pokój papieski. Znajduje się na I piętrze pałacu, w części reprezentacyjnej. Jego nazwa, podobnie jak sąsiedniego pokoju królewskiego, pochodzi od wystroju wnętrza. Znajdują się tutaj portrety papieży, m.in.: Piusa X, Grzegorza XVI , Klemensa XIV, Leona XII, Jana Pawła II, a także Benedykta XVI.