Dąb Augusta
Pamiątkowe miejsce po ostatnim królewskim polowaniu w Puszczy Niepołomickiej, kiedy to w dniach 24-27 września 1730 roku gościł w Puszczy król August II Mocny Sas. W tym miejscu, pod potężnym dębem, którego według zapisów mogło objąć dopiero 12 mężczyzn, ucztował Król wraz ze swoim orszakiem. Stary dąb padł przygnieciony okiścią w 1875 roku, a w rok później w jego miejsce posadzono nowy, który rośnie do dzisiaj.
Rezerwat „Lipówka”
Utworzony w 1957 roku rezerwat ścisły zaliczany jest do najcenniejszych rezerwatów w Polsce. W jego granicach zachowały się najpiękniejsze i najbardziej unikatowe fragmenty naturalnego, puszczańskiego starodrzewu. Zachwycają potężne dęby i lipy oraz duża ilość gniazdujących w dziuplach ptaków. W sąsiedztwie rezerwatu, w okresie kwitnienia lip wielu pszczelarzy ustawia pasieki w celu pozyskania cennego lipowego miodu.
Na terenie Puszczy Niepołomickiej utworzono 6 rezerwatów o łącznej powierzchni 102,6 ha.
Dąb Jagielloński
Potężny dąb znajduje się w oddziale nr 13, kilkadziesiąt metrów od leśnego duktu prowadzącego na łąki zwane „Olszyny”. Ukształtowanie powierzchni gruntu w sąsiedztwie dębu potwierdza historyczne informacje o podmokłym charakterze i niedostępności tego rejonu Puszczy Niepołomickiej.
Groby na „Kozich Górkach”
Puszcza Niepołomicka była światkiem wielu tragicznych zdarzeń związanych z okresem II Wojny Światowej. „Kozie Gorki” to miejsce największych masowych egzekucji, jakie okupant przeprowadził na jej terenie. Tragiczne zdarzenia upamiętniają dwa położone niedaleko siebie pomniki. Wysoki granitowy obelisk poświęcono około 1000 więźniom krakowskiego więzienia przy ul. Montelupich. Mniejszy, o charakterze grobowca jest jednocześnie mogiłą około 700 obywateli narodowości żydowskiej.
