19 października 1984 r. Popiełuszko wracał z Bydgoszczy, gdzie odprawił mszę dla ludzi pracy w kościele Świętych Polskich Braci Męczenników. W pobliżu wioski Górsk, na terenie niezabudowanym, zatrzymali go trzej funkcjonariusze IV Departamentu MSW, którzy sześć dni wcześniej przeprowadzili próbę zamachu: Grzegorz Piotrowski, Waldemar Chmielewski i Leszek Pękala.
Nie wiadomo dokładnie, co się wydarzyło od momentu porwania kapłana do chwili wrzucenia jego ciała do zalewu pod Włocławkiem. Prawdopodobnie Popiełuszko uciekł z samochodu podczas postoju przed hotelem Kosmos w Toruniu, ale esbecy go dogonili i pobili. Na podstawie sekcji zwłok potwierdzono, że był bity oraz związany w taki sposób, że przy każdym ruchu sznur zaciskał się wokół jego szyi. Wiele wskazuje na to, że zginął 19 października, zanim został wrzucony do Wisły w okolicach tamy we Włocławku. Do nóg księdza oprawcy przywiązali worek z przygotowanymi wcześniej kamieniami.
Informację o uprowadzeniu Popiełuszki podano w „Dzienniku Telewizyjnym” 20 października. W kościele św. Stanisława Kostki, w którym duchowny działał przez cztery lata, zaczęły się gromadzić tłumy – na mszy św., różańcu i Apelu Jasnogórskim. Działo się tak również w dniach następnych.
Popiełuszkę pochowano przy kościele św. Stanisława Kostki, a nie na Powązkach czy w rodzinnej Suchowoli – jak chciały ówczesne władze. W pogrzebie 3 listopada 1984 r. wzięło udział ponad 600 tys. wiernych oraz blisko tysiąc księży. Do grobu zaczęły ściągać pielgrzymki z całej Polski.
W procesie morderców kapłana (tzw. toruńskim, 1984–1985) Grzegorz Piotrowski został skazany na 25 lat więzienia, jego przełożony, wiceszef IV Departamentu MSW Adam Pietruszka, także na 25; Leszek Pękala – na 15 lat, i Waldemar Chmielewski – na 14. Wszyscy wyszli przed upływem kary. Piotrowski opuścił więzienie po 16 latach (2001), Pietruszka po dziesięciu (1995), Pękala po pięciu (1990), Chmielewski – po ośmiu (1993).
Świat w ogniu, głównie przez upały

- Co pasażerowie komunikacji miejskiej robią źle? Przegląd najgorszych zachowań
- Fryzury dla kobiet po 40. i 50. Zobacz, jak się czesać, aby odjąć sobie lat!
- Oto najbardziej luksusowe ulice Krakowa. Tutaj mieszkania kosztują krocie!
- TOP 10 rzeczy, które musisz wiedzieć o Krakowie, przyjeżdżając tu na studia!