Najgorsza w dziejach Tarnowa - jak pisze Krzysztof Moskal - była zaraza w latach 1652 i 1653, związana z pandemią dżumy, tyfusu plamistego i czarnej ospy. Trwała ona w Tarnowie prawie rok z kulminacją w lecie 1653 roku. Według kronikarza bernardyńskiego w mieście zmarło 1 500 osób (liczbę mieszkańców Tarnowa w tym czasie ocenia się na około 1 700 osób). Była to największa procentowa utrata ludności w historii miasta
Kolejna epidemia nawiedziła Tarnów w 1705 r. Według kronikarza bernardyńskiego zmarło wtedy ponad tysiąc osób. Zakończenie epidemii zawdzięczano relikwiom błogosławionego Felicisimusa, które w 1690 r. przywiózł z Rzymu ks. prepozyt Stanisław Orłowski. Z tego powodu w 1712 r. wybudowano przy kolegiacie kaplicę nad skarbcem (dzisiaj w nawie północnej katedry)
W 1833 r. węgierscy huzarzy zawlekli do Tarnowa epidemię tyfusu
W XIX w. tarnowian nękały głównie epidemie cholery. Dla ofiar pierwszej z 1831 r. urządzono cmentarz w Klikowej. Następna pojawiła się w Tarnowie na przełomie 1848 i 1849 r. Najtragiczniejsza w skutkach była epidemia cholery w 1866 r., która w Tarnowie zabrała około 1700 ofiar
