Franciszkanie reformaci osiedlili się w Wieliczce w 1623 roku. Świątynię – pierwszy murowany kościół reformatów w Polsce - konsekrowano trzy lata później, a w latach 1650-1655 z funduszy żupnika wielickiego Sebastiana Koszuckiego stanął murowany klasztor franciszkanów. W 1718 roku budynki klasztorne i kościół zniszczył pożar. Odbudowano je. Konsekracji świątyni dokonał 28 sierpnia 1721 roku biskup kijowski Jan Tarło.

Najsłynniejszy wielicki franciszkanin to brat Alojzy Kosiba (1855-1939). Był kwestarzem, nazywano go apostołem ubogich. Jego szczątki znajdują się w wielickim kościele franciszkanów, a symboliczny grób na klasztornym dziedzińcu. W klasztorze można oglądać celę w której brat Alojzy Kosiba mieszkał przez całe życie. Od 1963 trwają starania o uznanie brata Kosiby za błogosławionego.

Wyposażenie kościoła franciszkanów pochodzi z połowy XVIII w. i jest w większości dziełem zespołu braci zakonnych, stolarzy i snycerzy

Wielka czcią mieszkańców i górników cieszy się obraz Matki Bożej Łaskawej - malowany farbami olejnymi na kamiennej płycie - znajdujący się w ołtarzu bocznym kościoła franciszkanów. Obraz Matki Bożej Wielickiej pochodzi sprzed 1623 roku, przed przybyciem do miasta franciszkanów czczono go w murowanej kapliczce, stojącej na terenie, gdzie mieści się obecnie klasztor franciszkanów. W 1995 roku miała miejsce koronacja obrazu. Korony dla Matki Bożej Wielickiej poświęcił w Rzymie papież Jan Paweł II.