Zapora powstała w w latach 1975-1997. W latach 80. i 90. XX wieku jej budowa spotykała się ona z protestami ekologów. Realizację zapory, zbiornika oraz elektrowni zakończono w 1997. W tym roku powołano również spółkę do ich obsługi. Patronem zespołu zbiorników wodnych został prof. Gabriel Narutowicz. Tego też roku, w czasie powodzi stulecia, zapora przeszła swój chrzest bojowy.

Wraz z budową zapory powstało Jezioro Czorsztyńskie. Mieści ono 232 mln m³ wody, powierzchnia zalewu to 1226 ha, a jego głębokość przed zaporą w normalnych warunkach wynosi 42 m.

Pod zaporą znajdują się spusty denne, przez które może pzepłynąć 360 metrów sześciennych na sekundę. To one zasilają dwie turbiny, przez które przepływa do 250 metrów sześciennych wody na sekundę.
Na zaporze jest także tzw. przelew stokowy, przez który może przepłynąć do 975 metrów sześciennych wody na sekundę.