3.
Sklep Żyda Bałamutha
Wadowice Karola Wojtyły to świat dwóch przenikających się kultur i religii, stąd w Małej Ojczyźnie ekspozycja poświęcona wadowickim Żydom, którzy przed wojną stanowili ok. 20 proc. mieszkańców miasta. W sali zaprojektowanej jako przedwojenny sklep Chiela Bałamutha, który był właścicielem kamienicy i wynajął mieszkanie Wojtyłom, zgromadzono liczne fotografie, m.in. Jerzego Klugera, z którym Karol Wojtyła przyjaźnił się od czasów szkolnych do końca życia, oraz pamiątki po Żydach z Wadowic. W tym miejscu znajduje się także mur symbolizujący jerozolimską Ścianę Płaczu, przy której w 2000 roku modlił się Jan Paweł II oraz multimedialna prezentacja z wizyty Papieża w rzymskiej synagodze (1984).

2.
Broń Ali Agcy
Jedni nazywają go przeklętym eksponatem, inni trudną pamiątką. To z niego Ali Agca 13 maja 1981 roku strzelał do Jana Pawła II. Browning HP CAL kaliber 9 mm, wzór 1935, zasilany trzynastonabojowym magazynkiem, wyprodukowany w 1976 r. przez belgijskie zakłady zbrojeniowe w Herstal. W 1981 r. został zakupiony w Wiedniu przez Orala Celika, drugiego z napastników biorących udział w zamachu. Agca oddał do papieża dwa strzały, po czym broń zacięła się. Uciekając zamachowiec usiłował jeszcze strzelać do biegnącego za nim policjanta oraz siostry Letizii Giudici, która zastąpiła mu drogę. Na ich szczęście pistolet nie wypalił. Zablokowała go łuska, która nie odskoczyła prawidłowo po ostatnim wystrzale.
Niedługo po zamachu Jan Paweł II napisał do Ali Agcy list. Niewysłany i nigdy nieopublikowany zachował się w notatkach pozostawionych przez Papieża. Jan Paweł II pytał w liście, dlaczego Agca strzelał do niego, skoro obaj wierzą w tego samego, jednego Boga. List był utrzymany w braterskim tonie. Miał być ogłoszony publicznie, ale Papież po pewnym czasie zmienił zdanie. Zamiast listu postanowił odwiedzić swego niedoszłego zabójcę w więzieniu, co stało się 27 grudnia 1983 roku. Ten gest i rozmowa w cztery oczy były na pewno bardziej wymowne niż opublikowanie listu.

Jak to się stało, iż narzędzie zbrodni trafiło do wadowickiego Muzeum? Nie było to proste. Browning Agcy posłużył jako dowód rzeczowy podczas śledztwa i procesu. Obecnie stanowi własność rzymskiego Muzeum Kryminologii. Z uwagi na powyższe zgodę na jego wypożyczenie musiało wyrazić włoskie Ministerstwo Sprawiedliwości. Dzięki wsparciu instytucji kościelnych oraz rekomendacji polskiego rządu, w marcu 2014 r. papieskie Muzeum w Wadowicach otrzymało pistolet w trzyletni depozyt. W kwietniu 2017 r. okres ten został przedłużony o kolejne pięć lat.

2.
Pistolet Ali Agcy w gablocie w muzeum w Wadowicach
Jedni nazywają go przeklętym eksponatem, inni trudną pamiątką. To z niego Ali Agca 13 maja 1981 roku strzelał do Jana Pawła II. Browning HP CAL kaliber 9 mm, wzór 1935, zasilany trzynastonabojowym magazynkiem, wyprodukowany w 1976 r. przez belgijskie zakłady zbrojeniowe w Herstal. W 1981 r. został zakupiony w Wiedniu przez Orala Celika, drugiego z napastników biorących udział w zamachu. Agca oddał do papieża dwa strzały, po czym broń zacięła się. Uciekając zamachowiec usiłował jeszcze strzelać do biegnącego za nim policjanta oraz siostry Letizii Giudici, która zastąpiła mu drogę. Na ich szczęście pistolet nie wypalił. Zablokowała go łuska, która nie odskoczyła prawidłowo po ostatnim wystrzale.
Niedługo po zamachu Jan Paweł II napisał do Ali Agcy list. Niewysłany i nigdy nieopublikowany zachował się w notatkach pozostawionych przez Papieża. Jan Paweł II pytał w liście, dlaczego Agca strzelał do niego, skoro obaj wierzą w tego samego, jednego Boga. List był utrzymany w braterskim tonie. Miał być ogłoszony publicznie, ale Papież po pewnym czasie zmienił zdanie. Zamiast listu postanowił odwiedzić swego niedoszłego zabójcę w więzieniu, co stało się 27 grudnia 1983 roku. Ten gest i rozmowa w cztery oczy były na pewno bardziej wymowne niż opublikowanie listu.

Jak to się stało, iż narzędzie zbrodni trafiło do wadowickiego Muzeum? Nie było to proste. Browning Agcy posłużył jako dowód rzeczowy podczas śledztwa i procesu. Obecnie stanowi własność rzymskiego Muzeum Kryminologii. Z uwagi na powyższe zgodę na jego wypożyczenie musiało wyrazić włoskie Ministerstwo Sprawiedliwości. Dzięki wsparciu instytucji kościelnych oraz rekomendacji polskiego rządu, w marcu 2014 r. papieskie Muzeum w Wadowicach otrzymało pistolet w trzyletni depozyt. W kwietniu 2017 r. okres ten został przedłużony o kolejne pięć lat.

1.
Tuż przed samym wejściem do muzeum, na pl. Jana Pawła II w Wadowicach stoi pomnik słynnego papieża.
Od ub.r. z papieskiego pastorału zaczęła wypływać woda. To dlatego, że Urząd Miejski po ponad dekadzie naprawił zamontowaną w nim fontannę, o której wszyscy zdążyli już dawno zapomnieć. Niektórzy pielgrzymi do dziś wierzą jednak, że to cud a woda ma cudowne właściwości.