Krypty
W 2010 roku w kryptach kościoła spoczęły szczątki wykopane przez archeologów podczas prac pod Rynkiem Głównym i placem Szczepańskim. Badacze odsłonili wówczas prawie 200 grobów krakowian zmarłych w XI i XII w.

Cmentarz Mariacki

Przez blisko 600 lat przy kościele Mariackim znajdował się główny cmentarz Krakowa. Nekropolia została zlikwidowana przez władze austriackie w 1797 roku ze względów bezpieczeństwa. Po cmentarzu pozostały ślady w postaci epitafiów na kościelnych ścianach.