Utworzone w miejscu klasztoru Karmelitów Bosych więzienie, przetrwało do czasów powojennych. Swój wyrok odbywała w nim Rita Gorgonowa, bohaterka najsłynniejszego procesu z lat 20. ubiegłego wieku. Po wojnie, przetrzymywano tutaj więźniów politycznych i wrogów ówczesnego systemu, związanych głównie z Armią Krajową i Narodowymi Siłami Zbrojnymi.
W 1946 roku partyzanci ze zgrupowania "Błyskawica" Józefa Kurasia "Ognia", dokonali rozbicia więzienia i uwolnienia 64 więźniów. Po tych wydarzeniach zostało zlikwidowane. W 1954 władze Krakowa zadecydowały o przeznaczeniu budynku na muzeum archeologiczne. Dwanaście lat później w lokalizacji dawnego więzienia powstało muzeum, które pozostaje w tej lokalizacji do dziś.
"W więzieniu św. Michała od początku istnienia przetrzymywano licznych więźniów politycznych, wśród nich uczestników powstań narodowych – listopadowego (1830–1831 r.) i styczniowego (1863–1864 r.); powstania krakowskiego (1846 r.) i Wiosny Ludów, których więziono razem z pospolitymi kryminalistami. Od przełomu XIX i XX wieku do więzienia trafiali ówcześni opozycjoniści, organizatorzy i uczestnicy strajków robotniczych, studenci i działacze organizacji młodzieżowych" - pisze na swojej stronie krakowski IPN.
Na zachowanych zdjęciach można zobaczyć, jak więzienie wyglądało ponad sto lat temu.
