Ceremonii przejęcia świątyni, wydarzeniu wyjątkowemu nie tylko w wymiarze Krynicy-Zdroju, przewodniczył ordynariusz Greckokatolickiej Diecezji Przemyskiej arcybiskup Jan Martyniak.
Sceneria nie była w pełni cerkiewna. Brakowało ikonostasu. Przypomniano jednak dzieje świątyni, największej murowanej greckokatolickiej cerkwi na terenach ongiś zamieszkałych przez Łemków.
W 1879 r. konsekrował ją greckokatolicki metropolita lwowski arcybiskup Józef Sembratowicz, który pochodził z Krynicy.
Jednak po akcji "Wisła" Łemkowie zniknęli ze swych ziem, a w Krynicy cerkiew greckokatolicka diecezji przemyskiej została kościołem rzymskokatolickim diecezji tarnowskiej. Oficjalnie stało się to 5 września 1946 r.
Ponowna zmiana nie była zadaniem łatwym.
Wpierw, w 1982r., kuria tarnowska zgodziła się na nabożeństwa wschodniego obrządku we wspólnej świątyni.
Przekazanie budowli wspólnocie wyznaniowej, która ją wybudowała, stało się możliwe po kilkunastu kolejnych latach, m.in. dzięki zmianom personalnym dokonanym w krynickim klerze przez ordynariuszy: ks. Jana Martyniaka z Przemyśla i ks. Józefa Życińskiego z Tarnowa.
Ceremonia wejścia do świątyni wyznawców obrządku greckokatolickiego odbyła się 20 grudnia 1996 r, ale dopiero 31 grudnia 1996 budynek zostaje przekazana notarialnie.
W Krynicy-Zdroju Parafia Greckokatolicka ma za patronów Świętych Apostołów Piotra i Pawła, a jej proboszczem, od 2002 r., jest ks. Jan Pipka. Duchowny bardzo ceniony nie tylko w kurorcie u stóp Góry Parkowej.
Parafia Rzymskokatolicka zyskała w Krynicy Dolnej nową świątynię w dzielnicy Czarny Potok. Decyzje o jej budowie ogłosił 27 stycznia 1997 r. ordynariusz tarnowski ks. Józef Życiński, który odprawiał uroczyste nabożeństwo z okazji przekazania świątyni dotychczas użytkowanej. Od 1995 r. proboszczem parafii jest ks. Eugeniusz Szymczak.
