W krypcie specjaliści z firmy konserwatorskiej Piotra Białki wydobyli spod warstw pobiały i farb, uzupełnili i w części zrekonstruowali polichromię z XVIII wieku. Wnętrze odzyskało wysokiej klasy malowidła - cykl pasyjny, którego autorem był Andrzej Radwański, w swoim czasie najbardziej ceniony malarz krakowski, a dziś niedoceniany. Radwański jest autorem polichromii na ścianach, natomiast malowidła w tzw. lunetach to dzieło Franciszka Ecksteina i jego zespołu.
Na ścianach znajdziemy teraz tajemnice bolesne różańca: modlitwę Jezusa w Ogrójcu, biczowanie Chrystusa, ukoronowanie cierniem, drogę krzyżową (połączoną ze sceną spotkania Chrystusa niosącego krzyż z opłakującymi go kobietami), ukrzyżowanie Jezusa. Dodana jest ponadto scena szósta, która nie stanowi tajemnicy różańca - Pieta, czyli opłakiwanie Chrystusa. "Modlitwa w Ogrójcu" została zrekonstruowana, natomiast pozostałe sceny są oryginalne.
W dolnym kościele wyremontowano także m.in. monumentalne, dwubiegowe tzw. Święte Schody. Brakuje jeszcze bramek prowadzących na nie. Zostaną przywrócone, na ich oryginalne zawiasy. Pierwotnie krypta (konsekrowana w maju 1733 r.) była kaplicą z ołtarzem przedstawiającym Więzienie Chrystusa, na szczycie Świętych Schodów. Na terenie klasztoru niedawno został ostatnio znaleziony obraz, który się tam znajdował. Istnieje też zachowany postument ołtarza, w związku z czym pozostałe elementy zostaną jeszcze w ramach dalszych prac zrekonstruowane.
Konserwatorzy w ubiegłym roku dokonali w krypcie zaskakującego odkrycia: w prawym biegu Świętych Schodów znaleźli 59 niewielkich nisz, w których były umieszczone relikwie męczenników, Krzyża Świętego oraz relikwie Ziemi Świętej. Wydobyto je i zabezpieczono, a przewidziany jest ich powrót do tego wnętrza. - Ale nie ma jeszcze decyzji, gdzie dokładnie zostaną umieszczone - zaznacza o. Józef Tarnawski - koordynator ze strony Polskiej Prowincji Zakonu Pijarów projektu realizowanego przy Pijarskiej.
Na przyszły rok już zaplanowano cztery wystawy, które będą korespondować z charakterem tego miejsca, bo do barokowych podziemi kościoła oo. Pijarów powraca działalność galerii "Krypta u Pijarów". Ale w krypcie będą odbywały się nie tylko wydarzenia kulturalne, również powrócą do niej nabożeństwa. - W trakcie prac coraz bardziej sobie uświadamialiśmy, że to nie jest krypta, tylko kaplica, kaplica Świętych Schodów.
Dlatego odnowimy tutaj pewne wydarzenia o charakterze religijnym - czy też podejmiemy nowe - które będą w wyraźny sposób nawiązywały do tajemnic pasyjnych, paschalnych. Zaproponujemy mieszkańcom Krakowa (i nie tylko) uczestnictwo w nich w okresie Wielkiego Tygodnia - mówił nam o. Tarnawski. Ponadto pijarzy chcieliby zapraszać tu np. 14 września, w święto Podwyższenia Krzyża Świętego, na medytację pasyjną lub inne wydarzenie religijne.
Dwa lata temu w podziemiach kościoła pijarów zostały odkryte katakumby, a w nich kilkadziesiąt pochówków. Trumny znajdują się w zamurowanych niszach. Odwiedzający podziemia będą mogli zobaczyć w tych katakumbach wykonane w tynku tablice epitafijne.
W piwnicach Kolegium Pijarskiego powstało potrzebne zaplecze, m.in. sala konferencyjna, magazyny, toalety. Jedna to toaleta z niezwykle ekskluzywnym wejściem - przez XIV-wieczny kamienny portal.
Prace wykonane w krypcie oraz pomieszczeniach niezbędnych, aby przystosować tę przestrzeń do funkcji wystawienniczych i kulturalnych były finansowane ze środków Unii Europejskiej, z Narodowego Funduszu Rewaloryzacji Zabytków Krakowa (z NFRZK pochodziły nieco ponad 2 mln zł), jak też wkład własny zakonu, czyli inwestora. Przedsięwzięcie (zakończony właśnie projekt unijny) kosztowało prawie 16 mln zł, z czego 13,5 mln stanowiła unijna dotacja. Prace trwały od sierpnia 2017 do listopada 2019 roku.
Pijarzy planują kolejne prace w 2020 roku. Będzie to m.in. rekonstrukcja kamiennej groty Grobu Pańskiego pod Świętymi Schodami.
Krypta ma być udostępniana do zwiedzania dla mieszkańców Krakowa i turystów od stycznia (po Nowym Roku), w określonych godzinach. Pijarzy zapowiadają też wtedy obsługę osoby przewodnika.
