Były główny architekt Krakowa i profesor Politechniki Krakowskiej był lustrowany z uwagi na członkostwo w Społecznym Komitecie Ochrony Zabytków Krakowa. Wyżykowski musiał wypełnić oświadczenie lustracyjnego i zrobił to dwa razy. Najpierw w kwietniu 2007 r. przyznał, że był Tajnym Współpracownikiem SB. W kolejnym oświadczeniu złożonym 24 lutego 2008 r. stwierdził, że jednak agentem SB nie był.
Z relacji Wyżykowskiego wynikało, że SB zainteresowało się nim od 1958 r., gdy był jeszcze studentem. Potem jesienią 1967 r. przed pierwszym wyjazdem za granicę podpisał pod presją zobowiązanie do współpracy, którego treści, jak zeznał, nie pamięta. Potem dwa, trzy razy do roku spotykał się z oficerami SB wyłącznie na ich prośbę. 78-letni lustrowany potwierdzał, że kilkanaście lat miał kontakty z SB, ale zaprzeczał, by to była tajna współpraca.
- Chodziłem na twe spotkania ze strachu, bałem się odmówić - opowiadał lustrowany. Informacje przekazywał ustnie, czasem na piśmie i wtedy podpisywał je literą „Alfa”. Wiadomości, jak mówił, były ogólne o dotyczyły wyjazdów zagranicznych. Nigdy nie wziął pieniędzy od SB, a raz nie przyjął prezentu w postaci koniaku.
Z dokumentów IPN wynikało, że Wyżykowski w 1964 r. został zarejestrowany przez wydział II SB, kontrwywiad, jako tzw OZ, czyli osoba zaufana. W 1967 r. zmieniono mu rejestrację na Tajnego Współpracownika o kryptonimie Alfa i pod takim figurował do 13 grudnia 1989 r. Wyżykowski zaprzeczał, by wiedział jaki ma pseudonim. Bronił się, że nikt go nigdy o tym nie poinformował, jak i o fakcie rejestracji jako TW.
Zdaniem IPN Wyżykowski miał siedmiu oficerów prowadzących i wcale jego kontakty z SB nie były nieznaczące, jak on sam próbował je przedstawić po latach.
- SB próbowało wynagrodzić lustrowanego, czyli uznawało jego informacje za cenne. Z tych samych względów utrzymywało z nim kontakt od 1967 r. przez kolejnych 20 lat. Oficerowie SB wiele razy spotykali się z nim w tajnych lokalach kontaktowych m.in. „Topola” przy ul. Topolowej i „Room przy al. Pokoju - nie krył prokurator Łukasz Herjan IPN konsekwentnie uważał, że profesor skłamał w swoim oświadczeniu lustracyjnym. Odmiennego zdania był mec. Jan Widacki, obrońca Wyżykowskiego.
- Mój klient w obu oświadczeniach podał, jak wyglądały jego kontakty z SB i nie zataił żadnych faktów, ale różnie ocenił, czy to była współpraca. Za pierwszym razem uznał, że jednak tak, w drugim już nie - mówił Widacki. Z czego wynika taka rozbieżna ocena?
Wyżykowski tłumaczył przed sądem między wypełnieniem obu oświadczeń 11 maja 2007 r. doszło do ważnego orzeczenia Trybunału Konstytucyjnego, który określił jakie warunki trzeba spełnić, by kogoś uznać za tajnego agenta SB. Profesor powziął w związku z tym wątpliwości, czy poprawnie wypełnił pierwsze oświadczenie. Skonsultował się jeszcze, jak zeznał na rozprawie, z zaprzyjaźnionymi osobami znajdującymi się w podobnej sytuacji i na tej podstawie doszedł do wniosku, że jego zachowania nie wypełniły definicji „współpracy”. Dlatego w drugim oświadczeniu napisał, że nie był agentem SB. Bronił się, że działał w granicach usprawiedliwionego błędu i dwa razy sądy podzielały tę jego argumentację.
IPN za każdym razem był jednak odmiennego zdania i przekonywał, że żadnego błędu nie było. To przekonanie podzielił teraz krakowski sąd i dlatego uznał oświadczenie lustracyjne Wyżykowskiego, za kłamliwe. Przyjął, że doszło do realizacji pięciu znamion współpracy Wyżykowskiego z SB. Uznał, że lustrowany miał kontakt z organem bezpieczeństwa i przekazywał mu informacje. Współpraca była tajna, świadoma, wiązała się z operacyjnym zdobywaniem informacji i materializowała się w konkretnych działaniach lustrowanego.
