Przebudowa Muzeum jest współfinansowana przez ministerstwo kultury, województwo małopolskie oraz z fundusze UE. Całość przebudowy łącznie z instalacją nowej ekspozycji kosztować ma około 25 milionów złotych.
Muzeum będzie się mieściło w kamienicy, w której mieszkali Wojtyłowie. W 1920 roku urodził się tam Karol Wojtyła. W 1984 roku w budynku istnieje muzeum papieża, które należy do archidiecezji krakowskiej. To najdłużej w świecie działająca placówka muzealna poświęcona polskiemu papieżowi.
Dotychczasowa ekspozycja powiększy się czterokrotnie - do ponad 1 tysiąca metrów kwadratowych, na czterech kondygnacjach. Znajdą się w niej elementy oryginalnego wyposażenia, osobiste rzeczy Jana Pawła II oraz rękopisy. Ekspozycja będzie opowieścią o człowieku - od jego urodzenia do śmierci. Mieszkaniu Wojtyłów przywrócony zostanie wygląd z lat 20-tych ubiegłego wieku, który oddaje klimat domu rodzinnego. Zrekonstruowana zostanie także elewacja kamienicy do postaci z przełomu XIX i XX wieku.
Na czas przebudowy dla zwiedzających i pielgrzymów została przygotowana wystawa zamienna w sali przy wadowickiej parafii Ofiarowania NMP. Jest to replika mieszkania Wojtyłów w skali 1:1, a także scenografia przedstawienia "Antygony" na historycznej scenie, na której występował Karol Wojtyła.
