Tradycyjnie kościół św. Benedykta można odwiedzić tylko podczas święta Rękawki (dzień po Wielkanocy), ale od kilku lat ten najmniejszy krakowski kościół otwiera swoje podwoje także letnie soboty.
Obecny kościół powstał na miejscu wcześniejszej, datowanej na ok. 1000 rok, świątyni w kształcie rotundy, wiązanej prawdopodobnie z fundacją Bolesława Chrobrego lub Mieszka II.
Wzniesiony jest na Wzgórzu Lasoty kościół wspomina po raz pierwszy Kodeks Dyplomatyczny Katedry Wawelskiej z 1254 roku, wymieniając w nim górę pod Krakowem z kościołem św. Benedykta. Jan Długosz w swym dziele "Liber beneficiorum" wspomina o kamiennym kościele św. Benedykta.
Przez długie lata nieco zapomniany, a w połowie XIX w. groziło mu nawet rozebranie. Malownicza świątynia wznosi się w sąsiedztwie jednego z ważnych bastionów fortecznych - Fort 31 "Benedykt", ograniczając pole ostrzału. Do rozbiórki, na szczęście, nie doszło.
W 2014 roku, podczas badań archeologicznych, w kościele św. Benedykta odkryto blisko czterdzieści pochówków wokół kościoła i 29 grobów wewnątrz. Badacze są zdania, że umieszczono je w murze po wydobyciu z ziemi, gdy w przeszłości były prowadzone jakieś prace remontowe lub niwelacyjne wokół kościółka.
Przy murze świątyni natknięto się np. na szkielet chłopca w wieku 12-15 lat, który został pochowany w nietypowej pozycji. Leżał on na częściowo podkutej skale, na brzuchu, pochowany ze skrępowanymi na plecach rękami. Na zewnątrz kościoła, przy ścianie zachodniej, znaleziono też szkielet młodej kobiety ze szklanymi koralami i miedzianym pierścionkiem. Natomiast we wnętrzu świątyni natrafiano na grób przed ołtarzem głównym, w którym została pochowana 13-15-letnia dziewczyna z wyraźnym defektem kręgów szyjnych.
Podczas ostatnich prac remontowych utworzono rezerwat archeologiczny wewnątrz kościoła.
Zakaz handlu w niedziele. Klienci będą zdezorientowani?
