W 2002 r. Cracovię objął Wojciech Stawowy. Najpierw wywalczył z nią awans do drugiej ligi, a rok później do ekstraklasy. Jako beniaminek Cracovia pod jego wodzą zajęła 5 miejsce na najwyższym szczeblu rozgrywkowym. Stawowy rozstał się z zespołem 10 lutego 2006 r. – zaledwie miesiąc po podpisaniu 10–letniego kontraktu!

Następcą Stawowego został Albin Mikulski. Nie wytrwał jednak na długo i po serii porażek został zwolniony po niecałych dwóch miesiącach.

Miejsce Mikulskiego zajął Stefan Białas. Zahamował regres, zespół utrzymał się w ekstraklasie. To jednak nie wystarczyło. Po pół roku otrzymał wypowiedzenie.

Białas został zmieniony przez Stefana Majewskiego. Pod jego kierunkiem zespół zajął jak do tej pory najwyższe, bo 4. miejsce i zagrał w Pucharze Intertoto. Potem było już jednak znacznie gorzej. Cracovia straciła styl, zaczęła dołować. Majewski musiał odejść po dwuletniej pracy 27 października 2008 r.