Magiera, który we wtorek w Lizbonie zaliczył trenerski debiut w Lidze Mistrzów, w Krakowie pojawił się pod koniec czerwca 2006 roku. Szkoleniowcem "Pasów" był wówczas Stefan Białas - i to on był pomysłodawcą sprowadzenia doświadczonego zawodnika.
Po niemal dziesięciu latach spędzonych przy Łazienkowskiej, Jacek Magiera rozwiązał więc kontrakt z Legią. Z Cracovią związał się w lipcu umową na rok, z opcją przedłużenia. Ani jednak klauzula nie weszła w życie, ani nawet kontrakt nie został wypełniony. Graczem krakowskiego klubu Magiera nie był nawet dwa miesiące!
Gdy okazało się, że odchodzi, "Gazeta Krakowska" pisała: "Magiera zagrał w pięciu z sześciu meczów, jakie "Pasy" miały w tej rundzie. Swoją postawą nie rzucił na kolana. Klub na pewno nie był zadowolony z jego dyspozycji, podobnie kibice. A sam piłkarz źle podobno czuł się z nakładaną na niego presją i gęstniejącą wokół jego osoby atmosferą. Koledzy z zespołu nie znają powodów decyzji byłego legionisty i mówią, że było to dla nich zaskoczenie. - Powiem tyle, że Magiera choć nie był w najwyższej formie, wykonywał czarną robotę - mówił trener Białas".
Pożegnalnym występem w Cracovii - i piłkarskiej karierze - okazał się dla Jacka Magiery ten przeciwko Groclinowi Grodzisk Wielkopolski. Pomocnik wyszedł w podstawowym składzie, w przerwie zastąpił go napastnik Piotr Bania. Magiera grał w tym spotkaniu m.in. przeciwko Tomaszowi Jodłowcowi, którego trenerem jest teraz w Legii.
