Oprócz wymiany torów i urządzeń sterowania ruchem kolejowym, przebudowane zostaną perony. W Krakowie Bonarce, Krakowie Sidzinie, Skawinie, Podborach Skawińskich pojawi się lepsze oznakowanie, oświetlenie i udogodnienia dla osób o ograniczonej możliwości poruszania się. Wygodniejsze i bezpieczne dojścia umożliwią dwa przejścia podziemne w Skawinie oraz kładka pieszo-rowerowa na stacji Kraków Bonarka.
Mieszkańcy Krakowa i Skawiny zyskają łatwiejszy dostęp do pociągów dzięki budowie dwóch nowych przystanków Kraków Opatkowice, w sąsiedztwie ul. Macieja Dębskiego oraz Skawina Jagielnia, w rejonie osiedla TBS przy ul. Pachla. Dogodniejszą lokalizację zyska przystanek Skawina Zachodnia, który zostanie przesunięty o ok. 500 metrów w stronę Skawiny.
Inwestycja PLK obejmie również 30 obiektów inżynieryjnych, w tym wiadukt nad ul. Podmokłą w Krakowie i 5 mostów. Remont przejazdów kolejowo-drogowych ułatwi ruch drogowy i zwiększy poziom bezpieczeństwa w ruchu kolejowym.
Opracowanie dokumentacji projektowej i realizacja robót budowlanych zaplanowana jest w latach 2017 – 2019. Inwestycja na odcinku Kraków Płaszów – Podbory Skawińskie realizowana jest ze środków budżetowych w ramach dużego projektu pn. „Prace na linii kolejowej nr 94 na odcinku Kraków Płaszów – Skawina – Oświęcim”.
