Spółka kolejowa Przewozy Regionalne rozważa trzy warianty tras, jakimi może jeździć. Przedstawił je wiceminister infrastruktury Juliusz Engelhardt w odpowiedzi na poselską interpelację Marka Polaka (PiS).
Pierwszy wariant przewiduje, że pociąg ma kursować jak zwyczajny pociąg regionalny na trasie z Krakowa do Bielska-Białej. Druga brana pod uwagę opcja to uruchomienie w okresie wakacyjnym (od czerwca do września) kursów relacji Kraków - Wadowice - Kraków.
Poza sezonem turystycznym papieski skład miałby jeździć podpięty pod połączenie InterRegio z Warszawy do Zakopanego. Po drodze, w Kalwarii Zebrzydowskiej, papieskie wagony byłyby odłączane i samodzielnie jechałyby do Wadowic. Ostatni pomysł Ministerstwa Infrastruktury przewiduje wykorzystanie tego wyjątkowego pociągu w szczycie sezonu pielgrzymkowego (w sierpniu) do kursowania między Krakowem i Łodzią przez Częstochowę.
Kursujący od 2006 r. pociąg papieski miał być dogodnym połączeniem miasta Jana Pawła II z Krakowem. Pasażerami mieli być turyści. Początkowo kursy cieszyły się popularnością, jednak szybko liczba podróżnych zaczęła spadać. - Wygląda na to, że nie da się nic więcej zrobić - ocenia Marek Polak, poseł PiS. - Szkoda, że nie udało się lepiej wykorzystać potencjału, jaki miał ten pociąg - dodaje.
