Łacińskie universitas to tyle co całość, ogół, w szerszym rozumieniu wszechstronność, powszechność, otwarcie na wszystkie możliwe horyzonty, universitas rerum to wszechświat. Uniwersytety, jako specyficzne miejsca i instytucje przekazywania wiedzy, powstały pod koniec XI wieku, a więc w średniowieczu, zaś jako miejsce przekazywania wiedzy i zarazem badań naukowych - w wieku XVII.
Rozwinęły się one z ośrodków kształcenia, głównie przy katedrach, zwanych często studium generale, co do struktury na wzór średniowiecznych korporacji rzemieślniczych, a co do ducha w kulturze nowej jakości, będącej wynikiem procesu scalania elementów dziedzictwa kulturowego starożytnej Grecji i Rzymu z chrześcijańskim przesłaniem ewangelicznym. To był nowy pogląd na świat, jednolity, zwarty i kompletny, dający odpowiedź na podstawowe pytania człowieka, według wiary i ówczesnego stanu wiedzy, a więc uniwersalny. Całemu temu procesowi patronowało chrześcijaństwo ze swoimi instytucjami kościelnymi.
W momencie powstawania ośrodków kształcenia na wyższym poziomie nikomu nie przychodziło do głowy, że ta uniwersalna wiedza może istnieć bez znajomości Pisma Świętego, bez odniesienia do wiary religijnej, bez znajomości teologii. Uniwersytety były dziełem Kościoła, zarówno ten pierwszy w Bolonii, jak i ten w Oksfordzie, Paryżu i w wielu innych miastach Europy, od XI wieku do epoki Odrodzenia. Dlatego też było normą, że uniwersytet może powstać tylko wówczas, kiedy w jego strukturze znajdzie się wydział teologiczny.
Z tego powodu fundacja króla Kazimierza Wielkiego w Krakowie w 1364 r. zaowocowała powstaniem studium generale, a nie uniwersytetu. Kiedy natomiast królowa Polski, Jadwiga Andegaweńska, zwróciła się w 1397 r. do papieża Bonifacego VIII o erekcję uniwersytetu w Krakowie, prosząc równocześnie o powołanie w nim wydziału teologicznego, otrzymała na to zgodę.
Ten sposób myślenia o uniwersytecie przetrwał wieki, mimo że powstawały wielkie uniwersytety świeckie, a z najstarszych uniwersytetów europejskich, zwłaszcza w czasach komunizmu, usuwano wydziały teologiczne. Z ostatnimi laty łączy się totalne odejście od pojmowania uniwersytetu jako miejsca badań naukowych i nauczania dotyczącego całej wiedzy ludzkiej. Powstają wielkie uczelnie specjalizujące się w bardzo wąskich dziedzinach wiedzy, tak zwane uniwersytety "przymiotnikowe", czy "resortowe", medyczne, techniczne, humanistyczno-przyrodnicze i inne. Zostały one usankcjonowane stosownymi ustawami.
Uniwersytet Jagielloński był od wieków jedynym uniwersytetem w Krakowie. Po 2007 r., z czterech krakowskich akademii utworzono: Uniwersytet Ekonomiczny, Uniwersytet Pedagogiczny, Uniwersytet Rolniczy i Uniwersytet Papieski Jana Pawła II. To cieszy, ale budzi też mieszane uczucia. Najstarsze dziecko Wszechnicy Jagiellońskiej, Wydział Teologiczny, który był fundamentem tej sławnej uczelni, uzyskuje tytuł uniwersytetu w momencie, kiedy ta idea została całkowicie ogołocona z jej pierwotnej treści. Dziś tytuł uniwersytetu może zostać przyznany każdej wyższej uczelni, spełniającej formalne wymogi, dotyczące ilości uprawnień do nadawania tytułu doktora i habilitacji. Z wielkich idei schodzimy do procedur i technik. To przykre, ale taki jest świat, który stawia dziś na inne wartości.
Uniwersytet Papieski Jana Pawła II nie może wyzbyć się właściwej mu roli, dawania odpowiedzi współczesnemu człowiekowi na podstawowe pytania o ostateczny sens jego życia, o drogę, która prowadzi do ostatecznego celu. Wydaje się, że porzucenie tradycyjnego pojęcia uniwersytetu zrodziło się, mniej lub więcej świadomie, z zakwestionowania wartości religii, która w odpowiedzi na te eschatologiczne pytania odwołuje się do wiary. Wierze przeciwstawiono pewność (zresztą problematyczną), że tylko to, co dotykalne i sprawdzalne, stanowi prawdziwą wiedzę.
Można chyba żywić nadzieję, że żaden z krakowskich uniwersytetów nie porzuci szlachetnego dziedzictwa, pozostałego po twórcach tradycyjnej idei uniwersyteckiej.
