Janusz Cisek urodził się w 1955 roku w Stalowej Woli. W tym mieście ukończył Szkołę Podstawową numer 2, później Liceum Ogólnokształcące numer 44 imienia Komisji Edukacji Narodowej w Stalowej Woli. Magister Historii Uniwersytetu Jagiellońskiego (1980), Doktor Nauk Humanistycznych Uniwersytetu Wrocławskiego (1993), Doktor habilitowany Uniwersytetu Wrocławskiego (2003).
W latach 1992-2000 pełnił funkcję dyrektora Instytutu Piłsudskiego w Nowym Jorku. W latach 2001-2002 Wicedyrektor Departamentu Współpracy Zagranicznej i Integracji Europejskiej w Ministerstwie Kultury i Dziedzictwa Narodowego. W latach 2002-2003 Wiceprezydent Miasta Stalowej Woli w czasie trwania kadencji Andrzeja Szlęzaka. Od 2004 Profesor Uniwersytetu Jagiellońskiego Katedra Europeistyki, Kierownik Zakładu Historii i Kultury Europy Środkowej. W latach 2006-2011 Dyrektor Muzeum Wojska Polskiego w Warszawie. Od 2008 Komendant Związku Strzeleckiego "Strzelec", Organizacji Społeczno-Wychowawczej.
Autor monografii, wydawnictw źródłowych i edycji pamiętników, współautorem w pracach zbiorowych, współautor tłumaczeń na język angielski, autor artykułów naukowych. Ważniejsze wydane pozycje książkowe między innymi: "Sąsiedzi wobec wojny 1920", "Józef Piłsudski" - album, "Józef Piłsudski w Krakowie", "Kościuszko WE ARE HERE", "Polish Refugees and the Polish American Immigration and Relief Committee". Autor i gospodarz programu "Konflikty, bitwy, wojny" na kanale TVP Historia - cyklu historii wojskowej przedstawiającej działania, wydarzenia i dzieje techniki militarnej. Autor projektu "Dotknij Niepodległości" skupiającego corocznie tysiące osób na ulicach Warszawy i w Muzeum Wojska Polskiego. W trakcie kręcenia filmu "1920. Bitwa Warszawska" był konsultantem historycznym Jerzego Hoffmana.
15 sierpnia 2009 roku odznaczony przez Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej Lecha Kaczyńskiego Krzyżem Oficerskim Orderu Odrodzenia Polski. W wyborach w 2011 bez powodzenia kandydował z ramienia Polskiego Stronnictwa Ludowego do Senatu. 11 czerwca 2012 został powołany na podsekretarza stanu w Ministerstwie Spraw Zagranicznych. 24 kwietnia 2013 został odwołany ze stanowiska, po złożeniu rezygnacji, którą motywował względami zdrowotnymi - koniecznością przejścia chemioterapii w związku z białaczką. Jednocześnie jako kierownik Zakładu historii i kultury Europy Środkowej Uniwersytetu Jagiellońskiego przebywał na urlopie zdrowotnym.
Niestety, 28 lutego nad ranem przegrał walkę z chorobą.
