Pierwotna świątynia zbudowana na tym miejscu datowana jest na początek XI wieku, najprawdopodobniej została ufundowana przez Bolesława Chrobrego lub Mieszka II. Przypuszcza się, że budowli nadano imię św. Benedykta, patrona egzorcystów, ze względu na sąsiedztwo kopca Kraka, wiązanego z pogańskimi obrzędami.
Przez długie lata nieco zapomniany, a w połowie XIX w. groziło mu nawet rozebranie. Malownicza świątynia wznosi się w sąsiedztwie jednego z ważnych bastionów fortecznych - Fort 31 "Benedykt", ograniczając pole ostrzału. Do rozbiórki, na szczęście, nie doszło.
W 2014 roku, podczas badań archeologicznych, w kościele św. Benedykta odkryto blisko czterdzieści pochówków wokół kościoła i 29 grobów wewnątrz. Badacze są zdania, że umieszczono je w murze po wydobyciu z ziemi, gdy w przeszłości były prowadzone jakieś prace remontowe lub niwelacyjne wokół kościółka.
Przy murze świątyni natknięto się np. na szkielet chłopca w wieku 12-15 lat, który został pochowany w nietypowej pozycji. Leżał on na częściowo podkutej skale, na brzuchu, pochowany ze skrępowanymi na plecach rękami. Na zewnątrz kościoła, przy ścianie zachodniej, znaleziono też szkielet młodej kobiety ze szklanymi koralami i miedzianym pierścionkiem. Natomiast we wnętrzu świątyni natrafiano na grób przed ołtarzem głównym, w którym została pochowana 13-15-letnia dziewczyna z wyraźnym defektem kręgów szyjnych.
Podczas ostatnich prac remontowych utworzono rezerwat archeologiczny wewnątrz kościoła.
Dawniej kościół był otwierany jedynie dwa razy w roku: na odpust w uroczystość św. Benedykta (11 lipca) oraz w pierwszy wtorek po Wielkanocy w czasie uroczystości Rękawki. Dziś można go odwiedzić w każdą sobotę wakacji.
- Nie rozpoznacie tych miejsc! Krowodrza, Bronowice, Piaski Wielkie...
- Oto najbogatsze i najbiedniejsze gminy Małopolski. Jedna zwraca szczególną uwagę!
- TOP 15 najlepszych parków rozrywki w Polsce. Tu warto przyjechać! RANKING
- Pod Krakowem dobiega końca budowa... hinduskiej świątyni
- Męskie Granie w Krakowie: deszcz im niestraszny, tłumy na piątkowym koncercie!
